Fundacja im. Stefana Batorego działa na rzecz rozwoju demokracji i społeczeństwa obywatelskiego – społeczeństwa ludzi świadomych swoich praw i obowiązków, angażujących się w sprawy swojej społeczności lokalnej, swojego kraju i społeczności międzynarodowej.
Do priorytetowych zadań Fundacji należy:

•    poprawa jakości polskiej demokracji
Wspieramy inicjatywy służące zwiększaniu partycypacji obywatelskiej i wzmacnianiu poczucia odpowiedzialności obywateli za wspólne dobro. Działamy na rzecz przejrzystości życia publicznego i upowszechniania społecznego nadzoru nad funkcjonowaniem instytucji publicznych. Dążymy do podniesienia poziomu publicznej debaty i „uspołecznienia” procesu formułowania i wdrażania polityk publicznych.
•    wzmacnianie roli instytucji obywatelskich w życiu publicznym
Wspieramy rozwój organizacji i koalicji pozarządowych działających na rzecz poprawy jakości polskiej demokracji i rozwijania współpracy międzynarodowej. Dążymy do profesjonalizacji i legitymizacji prowadzonych przez nie działań, budowie ich wiarygodności i zwiększenia skali ich oddziaływania na sferę publiczną.
•    rozwijanie współpracy i solidarności międzynarodowej
Działamy na rzecz zbliżenia między państwami Unii Europejskiej i krajami położonymi od niej na Wschodzie, przede wszystkim Ukrainą i Białorusią. Wspieramy działania sprzyjające wymianie między krajami Europy Środkowej i Wschodniej doświadczeń związanych z procesami przemian politycznych, budowaniem społeczeństwa obywatelskiego i rozwiązywaniem problemów społecznych. Dążymy do zwiększenia roli polskich organizacji pozarządowych na arenie międzynarodowej.
Podstawową metodą działania Fundacji jest udzielanie dotacji na przedsięwzięcia podejmowane przez organizacje pozarządowe. Fundacja realizuje też własne projekty: prowadzi kampanie społeczne i działania rzecznicze, monitoruje funkcjonowanie instytucji publicznych, organizuje konferencje i debaty, warsztaty i spotkania, wydaje publikacje. W ramach swojej działalności Fundacja współpracuje z różnymi instytucjami z kraju i zagranicy.